陳萼所謂的改軍制，便是參照明朝的五軍都督府，建立中軍、左軍、右軍、前軍與后軍五大都督府，統管全國軍事，以文官出任都督府大都督。

都督府的主要職責是練兵、軍籍管理與選撥將領，出兵必須有兵部調令，而兵部尚書無權下達調兵令，只能承接皇帝旨意。

另有關錢糧這塊，設立儲糧戶部郎中一職，專掌地方軍糧，因當時還是府兵制，并不追求一步到位，而是逐漸建立由戶部管理屯田軍屯的制度，形成總督、刺史、戶部郎中...