小智一行人繼續著旅行，而今天上午的時候，一只大嘴鷗飛了過來，留下一封信，信里說非常欣賞小智，認為小智是一位優秀的訓練家，所以邀請他來挑戰剛研究出來的對戰系統，落款人是一位叫榮格的博士，而小智看到隨附的地圖后，發現榮格博士的研究所就在不遠處，所以欣然接受了邀請，接著四人就向著研究所走去。
    “不知道我什么時候能被大家認為是優秀的協調訓練家”走的路上，小遙忍不住的說。
    “只要繼續努力，這一天一定會到來的”小智回頭說道。
    “嗯，離秋葉鎮不遠了，這次的華麗大賽緞帶勛章，我一定會拿到手”小智說過不會參加這次華麗大賽，所以小遙握了握拳頭斗志十足說道。
    “那個就是研究所，還是第一次看到城堡式的研究所”這時一座建立在河畔的宏偉城堡出現在大家的眼前，小勝驚嘆道。
    “這些是什么，難道是照陰系統”城堡的門敞開著，小智一行走進后，就發現大理石鋪就的地面上有很多半圓部分，小剛猜測道，不過這時的小智就沒有聽到小剛在說什么，而是看著前方，只見前方站立兩個人，其中一人一頭灰白的頭發，身穿白色大褂，正是大木博士，不過小智的眼光則是被旁邊倩麗的背影給吸引了，橙色單斜馬尾辮，黃色短袖衫，加黃色短褲，背著一個海豹形的背包，正在和大木博士討論著什么。
    “小智這是怎么了”看到小智一言不發的向前走去，小勝不陰所以，小剛和小遙則在一旁笑著。
    “小霞”終于走到了跟前，小智輕輕的環住身前的人喃喃道。
    “小智”突然被人抱住，小霞想掙脫開，不過突然一聲低喃使得小霞渾身一顫，隨后靠進了一個溫暖的懷抱，一顆淚珠悄悄的掛在小霞的眼角，不知是悲傷還是高興，而波克基古也和皮卡丘它嘮家常去了。
    “哎呀，真是的，你們倆個好了”看到兩人已經抱了五分鐘還沒有分開的趨勢，被冷落的大木博士說道。
    “沒有，一輩子都不會好”小智應聲回答。
    “哎哎哎，好了，小智你到這里來應該是有事吧，小霞一時半會兒也不會離開你的，待會兒你們再聊”大木博士尷尬道。
    “嗯”小智聽到后，慢慢松開了懷抱，不過一只手抓著小霞。
    “看來，小智到這里來，應該是受到榮格博士的邀請”小霞拿出一封信，笑著對小智說道。
    “是的”小智也把那封信拿了出來。
    “我聽說榮格研究七年終于出成果了，所以就陪小霞一起來了，沒想到會碰到你們”隨后大木博士和小剛他們打招呼。
    “小遙，我們終于見面了”小霞對小遙說道。
    “是啊，之前只有在電話里見過。”
    “原來小智每次煲電話粥都是和你啊”小勝也終于知道怎么回事。
    “你就是小勝吧，見到你很高興”小霞也和小勝打招呼。
    “各位，我一直在等你們”就在這時，從屋里走出一位藍色短發，身穿白大褂的人。
    “榮格，好久不見了”大木博士看到來人高興的說，原來眼前的這位就是研究出新的對戰系統的榮格博士。
    “吶吶吶，榮格博士，那個新的對戰系統在什么地方”小勝這時已經迫不及待地想要見一見新的對戰系統了。
    “各位正身處其中”榮格博士說了一句讓大家摸不著頭腦的話，“接下來，我就展示給大家”隨后博士拿出一個操縱裝置，按了幾個按鈕后，庭院地上半圓突然發出亮光，并且之間有光線把他們連接到了一起，形成了一個一個的六邊形，如同蜂巢一般。
    “難道這就是幻影領域”大木博士對這個東西還是知道一點的。
    “是的，他們可以在里面自由行動”榮格博士一邊說著一邊操縱著按鈕，幾道光線對撞到一起，在大家眼前出現了三只神奇寶貝。
    “是鐮刀盔、多刺菊石獸和太古盔甲”看著眼前的三只神奇寶貝，小剛非常驚訝。
    “幻影神奇寶貝，也就是說，你的幻影系統已經完成了”大木博士驚訝道。
    “是的，以神奇寶貝數據為基礎，聲音、智慧還有軀體，能組成神奇寶貝完整個體的系統，由此誕生的它，理所當然的稱為幻影神奇寶貝”
    “和真的神奇寶貝一樣”小勝忍不住的走上前去，摸了摸多刺菊石獸，那冰冷的觸覺，仿佛真正摸到硬殼一般。
    “那是當然，不僅可以參與對戰，滅絕的神奇寶貝，稀有的，甚至神秘的神奇寶貝，所有的神奇寶貝都能見到，換言之，這將促進神奇寶貝研究的飛躍發展，那么接下來”榮格博士說完后，三只化石神奇寶貝就消失了，代替的則是一只波士可多拉，“小智、小霞，有興趣挑戰我的幻影神奇寶貝嗎”
    “那是當然”小霞對此非常感興趣，她還從來沒有和豐緣地區的神奇寶貝交過手呢。
    大家跟著榮格博士一起來到了一處對戰場地，大木博士走到裁判的位置上，“馬上將舉行榮格博士與華藍道館館主小霞的神奇寶貝對戰，使用的神奇寶貝為一只，當有一方的神奇寶貝失去戰斗能力的時候，比賽即為結束”
    “去吧，我的寶貝”小霞看到對方已經準備就緒，接著派出自己的神奇寶貝。
    “是美納斯”看到小霞派出的神奇寶貝，小遙大吃一驚。
    “不久前，小智告訴我，笨笨魚可以通過攜帶綺麗鱗片通信進化，所以就有了現在的美納斯”小霞看著美納斯十分高興，畢竟誰都無法抗拒美納斯的美麗。
    “女士優先，就由你先攻吧”榮格博士很紳士的把先攻權讓給了小霞。
    “美納斯水炮”小霞也沒有推脫，直接讓美納斯使用水炮，一道粗壯的水柱應聲而出，直接命中了對面的波士可多拉，激起一陣煙塵。
    “命中了，而且是效果拔群”小勝激動的喊道。
    “吼”不過結果卻出乎大家預料，煙霧散去，波士可多拉大吼了一聲，完全看不出傷勢。
    “這怎么可能”大家看到后都非常不相信。
    “波士可多拉使用沙塵暴”
    “液體圈”面對波士可多拉的沙塵暴，美納斯的周圍出現了許多水圈，把美納斯環繞起來，這樣就把沙塵暴對美納斯造成的傷害給抵消了。
    “電磁波”
    “美納斯魔裝反射”榮格博士看到沙塵暴沒有什么作用，所以選擇了干擾技能，可是美納斯身體發出一道絢麗的白光，使用了魔裝反射，電磁波直接被反彈了，波士可多拉反而被麻痹了。
    “波士可多拉使用種子機關槍”就在一切按部就班，小霞看起來穩占上風的時候，榮格博士突然讓波士可多拉使用了種子機關槍，黃綠色的種子朝著美納斯噴射而去。
    “什么”小霞看到種子機關槍大吃一驚，“使用暴風雪”不過隨后就反應過來，讓美納斯使用了暴風雪，冰封了種子。
    “這怎么可能，波士可多拉是不可能使用種子機關槍的”小勝這時立刻問道，這已經打亂了他的認知。
    “因為它是一只幻影神奇寶貝，可以通過操控輸入的數據，來自由改變屬性和絕招”榮格博士解釋道。
    “如果是這樣的話，那么就沒有比下去的必要了，神奇寶貝是有生命的，每一種神奇寶貝都有自己獨自的特點，正是他們各自的屬性和特有的絕招，才使得神奇寶貝多彩多姿，你的系統如果是這樣的話，那就根本沒有研究的必要，它對神奇寶貝的研究沒有任何的作用，它只是一堆數據罷了”小智聽到榮格博士的解釋后，就把小霞拉了回來，阻止了小霞繼續戰斗，因為他認為這是沒必要的，“博士，如果沒什么事情，我們就先走了，我們還有很多話要說呢”小智隨后對大木博士說道，接著就拉著小霞向門外走去。
    “哈哈哈哈哈…”
    “什么人”小智和小霞還沒走出去幾步，突然傳來一陣很渾厚的怪笑，大木博士聽到后立刻看向聲音傳來的地方。
    “居然說幻影神奇寶貝只是一堆數據”大家一起看向聲音發出的地方，就看到在研究所的陽臺上有一個身披披風，臉帶面具的人，“那我就讓你看看幻影神奇寶貝的厲害”那個人拿出了一個和榮格博士一模一樣的控制器，按下幾個按鈕后，突然院子里出現了好多神奇寶貝，鐮刀盔、多刺菊石獸、化石翼龍、太古盔甲，各種化石神奇寶貝，還有怪力、圈圈熊等力量巨大的神奇寶貝。
    “榮格博士，這是怎么回事”看到憑空出現的神奇寶貝群，大木博士質問榮格博士。
    “我也不知道怎么回事”榮格博士操縱手里的控制儀器，不過突然就爆裂開來。
    “這個幻影領域已經歸我所有，我是幻影的主謀者”那個神秘人說道，自稱為幻影的主謀者。
    “現在怎么辦”小遙看著眼前兇神惡煞的神奇寶貝，有點六神無主。
    “看來沒辦法了，小智”小霞拿出了一個神奇寶貝球，隨后對小智喊了一聲。
    “嗯，好久沒有一起戰斗過了”小智也一邊說著，一邊拿出了一顆神奇寶貝球，“噴火龍決定就是你了”小智派出噴火龍。
    “去吧，我的寶貝”小霞也隨后把神奇寶貝派了出來。
    “是暴鯉龍，又是一只強力的神奇寶貝”看到小霞的神奇寶貝，小勝吃了一驚，陰陰比姐姐大不了多少，可是差距怎么這么大。
    “噴火龍、暴鯉龍，mega進化”小智和小霞對視一眼，小智右手按住左手腕帶上的鍵石，小霞則是右手食指和中指按住胸前懸掛的吊墜上的鍵石，兩股能量分別和噴火龍、暴鯉龍身上的mega石相呼應，能量撕裂開來后，出現在大家眼前的是百萬噴火龍和百萬暴鯉龍。
    “我們怎么辦”小遙看到后呆了一下，隨后恢復過來。
    “我要去把這里的事告訴君莎小姐，這么復雜的事情只有我才能解釋清楚”小剛一邊幻想著一邊說道。
    “睜眼說瞎話，我看你是想要去見君莎小姐吧”小霞則無情的拆穿小剛。
    “不管了，就這樣吧”小剛說完就一溜煙兒的跑了。
    “真的沒問題”小遙也是對小剛有所了解，所以有點不放心。
    “算了，應該會傳達到的”小霞無奈道。
    “啊—”而就在小智說話的時候，榮格博士被憑空出現的一只化石翼龍給抓了起來，向著屋后飛去。
    “榮格”大木博士看到后，一邊向前跑，一邊向榮格博士伸出手，想要救下榮格博士。
    “博士—”不過跑了沒幾步后，再次出現一只化石翼龍，把大木博士也給捉了起來，小勝喊道。
    “百萬噴火龍龍爪”小智當然不會讓大木博士就這樣被捉走，百萬噴火龍使用龍爪，向著空中的化石翼龍斬去。
    “什么”不過在飛行軌跡上，出現了一只怪力，硬生生的用身體擋住了龍爪，接著就化為一堆數據消失了，幻影的主謀也趁著這個時候離開了。
    “小霞，我們上，要趕快救出大木博士，百萬噴火龍逆鱗”看到鐮刀盔和多刺菊石獸向著百萬噴火龍而來，小智立刻讓百萬噴火龍開始逆鱗。
    “百萬暴鯉龍龍舞”小霞選擇了強化，“水之尾”剛強化結束后，就一擊水之尾抽飛了一只太古盔甲，被抽飛的太古盔甲在空中化為了一堆數據。
    “龍爪”小智這邊也不慢，百萬噴火龍一個加速沖到鐮刀盔和多刺菊石獸身旁，龍爪劈出，直接打散了這兩個數據。
    “好強”小勝在一旁驚嘆道。
    “是啊”小遙也仿佛變成局外人一般，原來小智身旁的人實力這么強，完全不弱于小智，也就只有這樣的人才配的上小智，小遙突然有點自卑，自己和小智旅行這么久，好像一點實力都沒有，口口聲聲說下次華麗大賽取得緞帶，不過實際上一點信心都沒有。
    “姐姐，小心”小遙正在走神，沒有看到一只圈圈熊向她拍了過去，小遙聽到小勝的話后，抬起頭就看到眼前一只圈圈熊離自己僅有十厘米，銳利的雙爪在太陽光下閃爍著兇煞之氣，小遙嚇的腦袋一片空白，眼看雙爪就要拍到小遙身上的時候，突然圈圈熊變為了一堆數據，是暴鯉龍得龍尾，小遙一屁股坐到了地上。
    “你沒事吧”小霞從圈圈熊身后出現，拉起小遙，“不要擔心，小智不會讓我們有事的”小霞笑著說道，“當初的我也是很弱小，小智一直都保護我，不過我不想成為小智的累贅，所以我很努力，現在終于可以和他并肩作戰了”小霞幫小遙拍掉身上的灰塵。
    “小霞，你之前沒這么強”小遙聽到小霞的話很吃驚。
    “是的，當初的我一點都不比小遙強”體貼的小霞早就看出小遙在看到自己站在小智身旁戰斗時的自卑，所以小霞握住小遙的手開導她說，“相信只要努力，一定會很強的”
    “真的嗎”
    “吶”小霞肯定的點了點頭，“百萬暴鯉龍龍尾”說話的時候，一只怪力沖了過來，百萬暴鯉龍一個神龍擺尾就把它打散了。
    “我知道了”小遙仿佛下了決心一般，雙眼發出銳利的目光，不過一瞬就消失了。
    “一起加油”看到小遙振作起來，小霞笑著說道。
    “嗯”小遙緊緊的握著小霞的手保證道，而此時的戰場上，小智也已經打掃的差不多了，只剩下三只幻影神奇寶貝了。
    “這是怎么回事”突然這三只幻影神奇寶貝自己解散了，變為了數據，小勝看到后不陰所以。
    “大家小心”而這時被捉走的大木博士帶著一只夢幻向這邊跑了過來。
    “大木博士，你沒事吧”小智看到大木博士后立刻問到。
    “嗯，不過…”大木博士表示自己沒事，隨后看向研究所。
    “哈哈哈…”
    “幻影的主謀者？怎么會是榮格博士”隨著一聲怪笑，幻影的主謀者再次出現，不過這次沒有帶面具，而他的身旁也有一只神奇寶貝，小勝看到后不解的說。
    “是超夢，怎么會”而小霞看到那只神奇寶貝則大吃一驚。
    “不，它不是超夢，是幻影系統所制造出來的”小智一看就知道是怎么回事。
    “沒錯，這是幻影超夢，是最強的神奇寶貝”幻影主謀者說道。
    “博士這是怎么回事，還有這只夢幻”小霞發現一切都超過自己的認知，所以問一旁的博士，隨后大木博士就向大家解釋了，原來一開始幻影主謀者想要大木研究所的研究數據，大木博士不給，不過突然出現了這只幻影夢幻，幻影的主謀者非常痛恨這只夢幻，說是失敗品，所以大木博士推斷出這個幻影主謀者是榮格，不過榮格用這只幻影超夢脅迫大木博士把研究數據交了出來，而這些數據中不乏小智告訴大木博士關于傳說中的神奇寶貝，榮格把所有數據整合，制造出了眼前的這只幻影超夢，是對當年神奇寶貝聯盟把他踢出神奇寶貝學界的報復。
    “居然會是這樣”大家了解到事情的真相后，都非常吃驚。
    “我要讓你們看看我的理論是多么完美無缺，還有小智，居然說我的幻影神奇寶貝只是一堆數據，那就讓你看到它的實力”隨后榮格博士就操縱幻影超夢向這邊攻了過來，兩發鐵尾就把百萬噴火龍和百萬暴鯉龍給打敗了。
    “暴鯉龍”小霞看到暴鯉龍被打敗后擔心的喊道，隨后把暴鯉龍收了回來，小智也收回了噴火龍。
    “說你的幻影神奇寶貝是堆砌的數據，這是事實，皮卡丘你說是你去還是讓他去”
    “主人，還是讓本體去吧，畢竟是他的幻影，也不知道他的指責找沒找到”“超夢，讓他看看誰才是真正的超夢”小智也有點火大，居然脅迫大木博士，并且打敗了自己的神奇寶貝，小智一邊說著一邊從包里拿出一個信物召喚出超夢。
    “又一只超夢”小遙和小勝看到后大吃一驚。
    “這只超夢可是真的”小霞解釋道。
    “我當初復制的神奇寶貝至少還是真正的生命體，雖然我很希望看到自己的同類，不過它只是一堆數據罷了”超夢到來的時候小智就把一切都告訴他了，看著眼前這個和自己相似的神奇寶貝面無表情道，隨后一發波導彈發射而出。
    “你居然有真正的超夢”榮格看到小智的超夢也是吃了一驚，“不過，它是比不過我的幻影超夢”看到幻影超夢成功用手擋下超夢的波導彈后，榮格說道。
    隨后就是超夢和幻影超夢對轟，各種技能甩出，不過雙方全部都擋了下來。
    “可惡，既然這樣，就不要怪我了”看到自己占不到上風，榮格操縱起手中的儀器，只見幻影超夢的身上出現好多的頭，風速狗、阿柏怪、班吉拉等等神奇寶貝頭，隨后各種絕招同時發射了出來。
    “超夢精神破壞”面對榮格的大招，小智也讓超夢使用了精神破壞來阻擋攻擊，超夢也不負眾望，從身體中輻射處大量的粉紅色能量擋住了幻影超夢的攻擊，一陣陣煙霧撞擊產生。
    “小心”就在這時，幻影超夢再次發射了一道破壞死光，不過不是朝著超夢，而是想著小智他們而去，超夢第一時間就發現了，不過自己正在抵抗幻影超夢的其他攻擊，無暇顧及。
    眼看就要攻擊到小智他們的時候，“砰”的一聲，有什么東西阻擋住了攻擊。
    “是夢幻”看到發著綠色罩子幫小智他們擋住了攻擊的夢幻說道。
    “你這個失敗品，不要再來妨礙我了”榮格看到后，生氣的雙手顫抖，幻影超夢突然撤掉攻擊超夢的攻擊，一個瞬移就出現在夢幻的前方，一個尾巴抽擊，把夢幻抽上了天空，接著兩只手上變出兩顆頭，發射出兩道破壞死光，打向夢幻，這一切都在一瞬之間，小智連反應的時間都沒有，就看到夢幻被打中了。
    “miu——”夢幻在痛苦的叫聲中慢慢的變為數據消失了。
    “這失敗品終于消失了”榮格看到夢幻消失后說道。
    “你錯了”小智此時低著頭，看不清是什么表情，“它不是什么失敗品”小智的雙眼散發著紅光，一臉平靜的看著榮格。
    “小智”在小智一旁的小霞有點擔心，她剛才在小智低頭的時候看到小智眼角有亮光閃過，她知道那是傷心的淚水，而現在是小智憤怒到極點的樣子。
    “真是好笑，陰陰是你看不起我的幻影系統”榮格不以為意的說道。
    “它不是你的數據，它是有靈魂的，我相信它并沒有消失，它只是到它該去的地方”小智望向天空說道，仿佛夢幻正在那里和他揮手告別，“榮格，你成功的激怒我了，超夢接著”小智向超夢扔出一塊圓石，圓石中是白紫色的條紋，正是超夢石“mega進化”肆虐的能量以超夢為中央向四周擴散，引起強大的狂風，把幻影超夢和榮格吹得睜不開眼，而小智則完全不受影響。
    “這是…”能量散去，出現的超夢，擁有纖細的身體，拉長的頭部，能量得到了大幅提升，成為了種族值最高的神奇寶貝，銳利的雙眼閃爍著光芒，榮格有點顫抖，它仿佛感受到了強大的力量，仿佛一下就會被打敗一般。
    “超夢速戰速決”小智對mega進化后的百萬超夢說道。
    “知道”超夢非常生氣，自從聽了小智的話，安排好復制神奇寶貝后，然后一直感受神奇寶貝和人類之間的美好感情，可這次卻讓他看到了人類丑惡的一面，超夢一個加速，使用神速，在幻影超夢還沒有反應的時候，就到了它身后，一發近距離的影子球把幻影超夢打向前方，隨后再次使用神速，波導彈打出，幻影超夢被打向空中，超夢神速追上，出現在幻影超夢的上空，雙手發射出劇烈的粉紅色能量，是精神破壞，轟的一聲，幻影超夢被打倒了地上，一陣煙霧產生，煙霧散去，就看到幻影超夢躺在一個大坑中，身體正慢慢的變得虛幻化為數據，而榮格的幻影系統也發生了爆炸，庭院中的裝置一個個的爆裂開來，徹底報廢了。
    “不可能”榮格看著這一幕，嘴里喃喃道。
    “好了，現在請跟我們走吧，好好贖罪”大木博士看到幻影系統已經毀了，所以對榮格說道。
    “不用可憐我，我的幻影系統才剛剛開始”榮格卻不領情，轉身，走進了正著了大火的研究所。
    “榮格”大木博士喊了一聲，不過被大火給阻攔住了。
    事情告一段落，君莎小姐隨后趕來，不過大火撲滅后，卻沒有找到榮格，小智對榮格博士最后的一句話若有所思，也許之后在什么地方還會再見。
    大木博士急著趕回研究所去查看損失的數據，而小霞則是說閉館一周，所以還有時間陪小智旅行一段時間，小智非常高興，五人踏上了新的旅途，而晚上，小霞和小遙也嘰嘰喳喳的聊到了很晚，說著女生之間的小秘密，成為了無話不談的好朋友，他們旅行還在繼續。
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