離開大傻谷后，三人繼續(xù)旅行，在路上的一個神奇寶貝中心小智給大木博士打了一個電話。
    “小智，那些化石盔，菊石獸和化石翼龍是你們在大傻谷里抓來的，那里面還有沒有了”大木博士一接電話就開始詢問小智。
    “沒錯，是我們抓的，它們還好吧，而且大傻谷里剩余的都讓他們沉睡了，我抓了聯(lián)盟應(yīng)該沒意見吧”小智猜大木博士已經(jīng)知道大傻谷出現(xiàn)了化石神奇寶貝。
    “沒問題，我說你是我安排的人，我會好好照顧它們，它們?nèi)紕倓傂褋恚?jīng)過一段時間的調(diào)養(yǎng)才能恢復(fù)過來，既然大傻谷剩余的都沉睡了，我們就不應(yīng)該打擾，我會和聯(lián)盟反應(yīng)的”大木博士知道小智很關(guān)心神奇寶貝，這話讓小智安下心來“小智，它們借我研究沒問題吧”
    “沒問題，你只要幫我照顧好它們就行了”雖然大木博士研究神奇寶貝很盡心，但有時會不顧自己的危險，如果發(fā)現(xiàn)稀有的神奇寶貝，那他就會死纏爛打的黏著對方。好在大木博士有很強的神奇寶貝和我的五員老將，不會有太大的危險。
    在神奇寶貝中心，波克比也在小霞的期待中誕生了。
    “啊，好可愛，波克比你好啊”
    “叫尅布哩~”波克比高興的叫道，就這樣小霞收服了波克比。
    而這天，小智一行人繼續(xù)向著紅蓮道館前進，在路上碰到了一位大叔要求進行神奇寶貝的對決，小智當(dāng)然是來者不拒。
    “上吧，鐵甲犀牛”大叔派出的神奇寶貝是鐵甲犀牛。
    “咦～是鐵甲犀牛”瑟蕾娜驚呼到，在她那鐵甲犀牛大都用來騎，而不是用來戰(zhàn)斗。
    “妙蛙種子就決定是你了”小智看到大叔就知道到那個不可思議花園了，所以派出妙蛙種子。
    “鐵甲犀牛，使用猛撞攻擊”大叔率先下令，然后鐵甲犀牛就向著這邊沖了過來。
    “妙蛙種子寄生種子，然后睡眠粉”看著鐵甲犀牛向妙蛙種子撞了過去，小智對妙蛙種子下令，像這種橫沖直撞的都是很好的活靶子。雖然妙蛙種子被撞飛，但寄生種子和睡眠粉成功命中鐵甲犀牛，鐵甲犀牛不斷被吸收體力而且搖搖欲睡，寄生種子吸收體力補回妙蛙種子，妙蛙種子可以很快的恢復(fù)傷勢。
    “鐵甲犀牛振作啊”大叔沒想到會是這種情況。
    “妙蛙種子最后一擊，飛葉快刀”妙蛙種子飛出許多葉子，鐵甲犀牛因為被睡眠不能動，草系對地面系和巖石系效果拔群，而且還是加強版的飛葉快刀，鐵甲犀牛直接失去了戰(zhàn)斗能力。
    “妙蛙種子干的好”小智跑過去摸了摸妙蛙種子說。
    “噠奈~”可是就在這時，妙蛙種子痛苦的叫道
    “妙蛙種子你沒事吧，難道是…我馬上送你去神奇寶貝中心”小智看到妙蛙種子背上的種子開始發(fā)光，但很痛苦，小智知道它正在抗拒進化，所以就抱著妙蛙種子向神奇寶貝中心沖去。
    “大伙，我們快去神奇寶貝中心”小霞也看到妙蛙種子一臉痛苦，也沒說什麼，跟小智一起跑向神奇寶貝中心。
    終于在傍晚，小智等人趕到了神奇寶貝中心，并且把它交給了喬伊小姐。
    “你的妙蛙種子沒事，只是出現(xiàn)進化的征兆罷了，不過看起來它好像在抗拒進化”在認真檢查下，喬伊對在外等待著的小智說。
    “它沒事就好，進不進化我會跟他說陰的”妙蛙種子認為進不進化都可以變強，只不過進化是變強的一個捷徑。
    “妙蛙種子進化之后會進化成妙蛙草，你們看”喬伊把小智等人帶到窗戶邊，指著窗外說。
    然后就聽喬伊小姐說了妙蛙種子的傳說，原來是到了某個時期，妙蛙種子就會從各處涌來，聚集在一塊，舉辦進化的慶典。
    “看來我們是迎接了重要的時刻了”小剛聽到后發(fā)出感慨。
    “看來很有趣，進化是在哪里”小剛這時突然問道，不過也提起了大家的好奇之心，畢竟這是一大奇跡啊。
    “在稱為不可思議花園的地方哦”喬伊笑著解釋說。
    “不可思議花園”大家都沒聽過這個地方。
    “到目前為止從來都沒有人見過那個地方，所以被認為是幻影呢”喬伊繼續(xù)解釋說。
    “想要知道不可思議花園在哪里，跟著妙蛙種子就行了”這時小智的回答道。
    吃過晚飯后，大家都沒有休息，都在暗中觀察妙蛙種子，想跟著妙蛙種子去不可思議花園，過了很長時間，小智看到了妙蛙種子出門然后朝著花粉流動的方向去了。
    “小霞，小剛我們安靜的跟著妙蛙種子走”小智立刻去喊醒小霞他們。
    “嗯，我們出發(fā)吧”小剛同意到。
    “這是什么”大家跟著跑了一段時間后，就看到四周出現(xiàn)了許多的藤蔓。
    “你們看，藤蔓把前面的路堵塞起來了”小霞看著前方說道，畢竟前面就是不思議花園了。
    “這里有個小洞，剛好夠妙蛙種子進去，皮卡丘，你和杰尼龜先去看著妙蛙種子，我們等一下就來”小智擔(dān)心妙蛙種子的安全，畢竟火箭隊也會過來搗亂，所以先放杰尼龜和皮卡丘進去，他們慢慢在藤蔓完全堵塞前跳過去，不過小霞和瑟蕾娜運動能力沒那么好，要看著點。
    “我們走吧”皮卡丘帶著杰尼龜進去了。
    “好漂亮啊~”皮卡丘和杰尼龜看到下面平坦的草地上有好多妙蛙種子，然后妙蛙種子開始唱歌，那個干枯的樹開始成長，并且開出了大片的紅花，而且地上也開了好多的小花。
    這時，它們后面出現(xiàn)了一只妙蛙花，杰尼龜被嚇了一跳，馬上進入戰(zhàn)斗狀態(tài)。
    “杰尼龜你不是他的對手”皮卡丘制止了杰尼龜?shù)男袨椋驗樗杏X這只妙蛙花很強，雖說皮卡丘能打贏，但是他不想傷害這里。
    “不好意思，我們是好奇才過來的，請原諒我們失禮的行為”皮卡丘帶著杰尼龜向妙蛙花道歉。
    “沒關(guān)系，跟我過來，我有話對你們說”妙蛙花沒有怪罪它們，慢慢往樹洞中走去。
    皮卡丘和杰尼龜跟了過去，它們在里面看到了小智的妙蛙種子。
    “你們?yōu)槭裁床贿M化，你們都有很好的資質(zhì)，進化后能變得更強”妙蛙花開口了。
    “我覺得我很喜歡這種形態(tài)，小智不強求我進化，而且變強不一定要進化，就算不進化，你不一定能打贏我”皮卡丘答道：
    “不進化確實也能變強，但是進化能更快的得到力量，當(dāng)年我也是這樣認為，但直到失去最重要東西的時候，我才陰白，有些事情是不會等你慢慢變強的，他們和你不同，你潛力無限，他們現(xiàn)在潛力到了頂點了，不進化就不能在增強實力了”
    “即便你這樣說，我也不會改變自己的想法，如果小智需要我進化，我會毫不猶豫進化，不需要的話我就不進化”妙蛙種子堅信自己的想法。
    “這是你的事，我只是建議你們，我要出去了，慶典要開始了”妙蛙花慢慢走出了樹洞。
    等小智他們到達的時候，慶典剛好開始了，在妙蛙花的叫喊和妙蛙種子的回應(yīng)下，妙蛙種子開始吸收飄著的花粉，一個個都進化成了妙蛙草。
    “我的妙蛙種子呢”小智在一堆妙蛙草里尋找著妙蛙種子，可是找遍后都沒有一只妙蛙種子，全都進化成了妙蛙草，小智非常的納悶，心里想：難道它也進化了？小智向丈二的和尚，摸不著頭腦。
    就在這時，一個喵喵形狀的熱氣球出現(xiàn)了，“（火箭隊經(jīng)典臺詞）哈哈哈，妙蛙草和妙蛙花，我們就收服了”武藏一邊說一邊從熱氣球下伸出一個大管子，而后小次郎按了一個按鈕后，管子就開始吸氣，好多妙蛙草都被吸起來了。
    “不好，快救妙蛙草”小智看到妙蛙草好多都被吸了起來，小智馬上放出比比鳥“比比鳥破壞氣球”
    “我早就有準備，十萬伏特網(wǎng)”一張帶電的網(wǎng)罩住了比比鳥。
    “我們也來幫忙”當(dāng)小剛他們也想出手幫忙的時候，妙蛙花出手了。
    妙蛙花一聲大叫，地上出現(xiàn)許多藤蔓，直接將熱氣球包了起來，然后用飛葉快刀，將袋子割破，被抓的妙蛙草全部掉了下來，掉下來的妙蛙草被藤蔓接住，最后使出陽光烈焰，將火箭隊炸飛。
    “好討厭的感覺啊~”火箭隊變成流星飛走了。
    “小智，這只妙蛙花好強啊”小剛說到，剛剛他看到妙蛙花的攻擊都是一氣呵成。
    “這些都不重要，我的妙蛙種子，杰尼龜和皮卡丘呢”小智現(xiàn)在才不管妙蛙花多厲害，他現(xiàn)在還沒找到妙蛙種子它們?nèi)齻€。
    “我們在這里”皮卡丘它們從妙蛙花背后走了出來，小智的波導(dǎo)告訴他這只妙蛙種子就是自己的那只，看來它沒選擇進化，這樣小智就得費一番口舌了，他知道妙蛙種子潛力到頂點，不進化就沒法發(fā)展了。
    原本以為事情結(jié)束了，不過妙蛙花卻給了小智一樣意外的東西。
    “這不是妙蛙花的mega石嗎？為什么你要給我這個”小智對妙蛙花給他這東西感到很驚訝。
    “聽說你聽的懂我說的話”
    “沒錯”這一定是皮卡丘告訴它的。
    “這是我以前無意中得到的，它能讓我們妙蛙一族變得更強，現(xiàn)在它放在我這里已經(jīng)沒用了，與其讓它發(fā)霉，不如送給你，或許你的妙蛙種子有一天能用到它”妙蛙花解釋到。
    “那我不客氣了”這么好的東西，小智怎么能拒絕，或許自己哪天真的能用上。
    事情圓滿的解決了，小智等人也在回神奇寶貝中心收拾東西后繼續(xù)向紅蓮道館前進。
    夜晚，小智放出了妙蛙種子和杰尼龜，和他們談了很多，最后妙蛙種子和杰尼龜都愿意繼續(xù)努力而選擇進化，這樣第二天旅行的時候小智的精靈就變成了皮卡丘，比比鳥，火恐龍，妙蛙草，卡咪龜和暴鯉龍
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