當(dāng)天，奉天殿內(nèi)舉行大朝會(huì)，當(dāng)庭正式宣布旨意，改組內(nèi)閣與軍機(jī)。
旨意中明確表示，皇帝之下分為內(nèi)閣和軍機(jī)。
內(nèi)閣辦公地點(diǎn)在紫禁城奉天殿東邊的文華殿，軍機(jī)辦公地點(diǎn)在奉天殿西邊的武英殿。
住在文華殿的永王和定王二人，搬出紫禁城，朱慈烺將抄家所得的魏國(guó)公府和保國(guó)公府，分別賜給定王和永王，作為王府。
內(nèi)閣大臣管理全國(guó)政務(wù)，治理國(guó)家促進(jìn)發(fā)展，掌管除軍隊(duì)和宗室外的一切國(guó)政事物。
內(nèi)閣下屬吏部、戶(hù)部、禮部、工部、刑部、教化部、財(cái)政部（稅務(wù)部）、海事部、鴻臚寺（外交部）、翰林院。
軍機(jī)大臣管理軍事，負(fù)責(zé)軍事作戰(zhàn)，開(kāi)疆拓土。
軍機(jī)控制全國(guó)的軍隊(duì)，掌軍令，可以對(duì)軍隊(duì)發(fā)號(hào)施令，對(duì)武官選拔、考核、升降、賞罰。
軍機(jī)下屬兵部、情報(bào)部、后勤部、軍器部、贊畫(huà)部、軍工研究院、皇明軍校。
其中兵部是軍屯部和五軍都督府的集合體，新的五軍都督府包括了軍屯職責(zé)，總部以前叫大都督府，朱慈烺將其直接改為兵部。
軍機(jī)與內(nèi)閣的職權(quán)平等，凡軍機(jī)要?jiǎng)?wù)，內(nèi)閣無(wú)權(quán)過(guò)問(wèn)。
二者一文一武，互不通氣，分別向皇帝奏事，皇帝利用兩者之間的異同，直接控制軍權(quán)和政權(quán)。
遇到戰(zhàn)事，皇帝召開(kāi)御前會(huì)議，商量要不要打，打的話將要達(dá)到什么戰(zhàn)略目的，然后軍機(jī)去執(zhí)行，下達(dá)作戰(zhàn)命令。
內(nèi)閣只負(fù)責(zé)調(diào)動(dòng)各省的后勤支援，當(dāng)然了，各地都督府也會(huì)在當(dāng)?shù)卦O(shè)立后勤戰(zhàn)備倉(cāng)儲(chǔ)，隨時(shí)應(yīng)對(duì)戰(zhàn)爭(zhēng)，避免文官們后勤不繼拖后腿，影響戰(zhàn)況。
內(nèi)閣大臣和軍機(jī)大臣，皆由皇帝親自任免，主要以政績(jī)與軍功為依據(jù)。
除了皇帝可以制約內(nèi)閣與軍機(jī)，朱慈烺又將都察院和軍法部獨(dú)立于內(nèi)閣與軍機(jī)外。
都察院監(jiān)察文官，軍法部監(jiān)察武將，按章程辦事，形成制衡，聽(tīng)命于皇帝。
朱慈烺本想將財(cái)政權(quán)也單獨(dú)拿出來(lái)的，后來(lái)想想還是放棄了，財(cái)權(quán)要是拿出來(lái)，就是北宋的二府三司制了，容易造成冗官的現(xiàn)象，行政效率差。
為了保持行政效率，朱慈烺采用問(wèn)責(zé)制，明確官員崗位職責(zé)，任務(wù)不重合，是誰(shuí)的責(zé)任由誰(shuí)來(lái)承擔(dān)。
追究具體問(wèn)題的具體過(guò)錯(cuò)，不問(wèn)功勞苦勞，不搞將功抵過(guò)，形成真正的賞罰分明。
最后，在殿上，朱慈烺宣布了內(nèi)閣大臣和軍機(jī)大臣的名單。
吏部尚書(shū)，楊廷麟，內(nèi)閣首輔，太師，侯爵，文華殿大學(xué)士。
戶(hù)部尚書(shū)：張國(guó)維，內(nèi)閣次輔，伯爵，文華殿大學(xué)士。
禮部尚書(shū)：朱繼柞，內(nèi)閣大臣，文華殿大學(xué)士。
工部尚書(shū)：方孔照，內(nèi)閣大臣，伯爵，文華殿大學(xué)士。
方孔照本是內(nèi)閣次輔，因兒子方以智擔(dān)任浙江巡撫，他避免方家權(quán)勢(shì)過(guò)重，樹(shù)大招風(fēng)，因此甘愿讓出位置，掌管個(gè)沒(méi)什么影響力的工部......
刑部尚書(shū)：馮英，內(nèi)閣大臣，文華殿大學(xué)士，兼任應(yīng)天府府尹，掌天下刑獄。
教化部尚書(shū)：李巖，內(nèi)閣大臣，文華殿大學(xué)士，年輕遭人妒忌，未封爵，留用教化部。
財(cái)政部尚書(shū)：程國(guó)祥，內(nèi)閣大臣，伯爵，文華殿大學(xué)士。
海事部尚書(shū)：沈廷揚(yáng)，內(nèi)閣大臣，文華殿大學(xué)士。
鴻臚寺卿：（外交部）冒襄，內(nèi)閣大臣，這是唯一一個(gè)不是文華殿大學(xué)士的內(nèi)閣大臣。
若不是外交工作日益重要，以這位學(xué)渣的資歷，再努力十年都入不了內(nèi)閣！
翰林院大學(xué)士：楊士聰，內(nèi)閣大臣，伯爵，文華殿大學(xué)士。
翰林院集中了知識(shí)分子中的精英，負(fù)責(zé)修書(shū)撰史，起草詔書(shū)，為皇室成員侍讀，擔(dān)任科舉考官等。
原本翰林院的老大只是五品學(xué)士，其他官職都是些六七八九品的小官，每天只負(fù)責(zé)抄抄寫(xiě)寫(xiě)的工作，致力于文化學(xué)術(shù)事業(yè)的傳承。
朱慈烺有意將翰林院搞成智囊團(tuán)，特地在原有的學(xué)士上面再設(shè)大學(xué)士一人，正二品銜，楊士聰為首任大學(xué)士，掌翰林院。
都察院院長(zhǎng)：李邦華，負(fù)責(zé)監(jiān)察以上所有部門(mén)官員，不入閣，授正一品特進(jìn)光祿大夫。
朱慈烺覺(jué)得左都御史這個(gè)官職沒(méi)逼格，不配當(dāng)都察院的老大，于是在左都御史上面又加了個(gè)院長(zhǎng)......
軍機(jī)大臣及下設(shè)部門(mén)。
兵部尚書(shū)：孫應(yīng)元，首席軍機(jī)大臣，秦國(guó)公。
情報(bào)部尚書(shū)：李廷表，軍機(jī)大臣，太保，侯爵。
此時(shí)的大明情報(bào)網(wǎng)主要分成三部分：錦衣衛(wèi)主要側(cè)重于軍事情報(bào)，往別國(guó)派出細(xì)作；
龍?bào)J夜不收相當(dāng)于特種偵查大隊(duì)，隸屬于軍機(jī)；
東廠接管全國(guó)官員和民事情報(bào)網(wǎng)，直接對(duì)皇帝負(fù)責(zé)。
后勤部尚書(shū)：太監(jiān)盧九德，軍機(jī)大臣，祖墳冒青煙，成為歷史上唯一一位太監(jiān)當(dāng)官的家伙。
軍器部尚書(shū)：趙景麟，軍機(jī)大臣，侯爵，掌管各地軍器局、武器制造。
贊畫(huà)部尚書(shū)：趙士驤，軍機(jī)大臣，伯爵。
贊畫(huà)相當(dāng)于參謀，主要職責(zé)是整理戰(zhàn)斗信息，為軍事長(zhǎng)官提供資料并提出一定的戰(zhàn)略戰(zhàn)術(shù)，為行軍部隊(duì)指路、以及為將帥們起草報(bào)告和文書(shū)。
經(jīng)軍事長(zhǎng)官授意，贊畫(huà)可以向下面單位布置具體的戰(zhàn)斗任務(wù)。
最重要的是，贊畫(huà)部要對(duì)士兵們進(jìn)行思想教育，精忠報(bào)國(guó)，守護(hù)百姓，讓士兵們?cè)谌魏纹D苦的條件下都能夠積極的戰(zhàn)斗，充滿(mǎn)了必勝的信念.....
朱慈烺很明白，這樣的文武分治制度，不一定很完美，而且面對(duì)時(shí)代的發(fā)展，以后也需要再作出調(diào)整，比如拓展海外時(shí)，隨著地盤(pán)的變大，很多問(wèn)題又會(huì)出現(xiàn)。
最后，朱慈烺確定了巡撫制度，命吳忠宣布各省巡撫的名單。
巡撫一詞，最早出現(xiàn)在南北朝時(shí)，基本上是皇帝派遣官員出巡邊鎮(zhèn)和賑災(zāi)撫民。
大明開(kāi)國(guó)之初，在各省設(shè)立都司（都指揮司）、布政司（承宣布政使司）、按察司（提刑按察使司），分別主管軍事、民政、司法，合稱(chēng)三司。
按道理說(shuō)這三權(quán)分立的制度挺好的，然而不到百年的時(shí)候，隨著土木堡之變后，文官集團(tuán)勢(shì)力做大，武將集團(tuán)地位下降，三司的平衡被打破。
加上社會(huì)矛盾激化，三司條條分割，都在推卸責(zé)任，運(yùn)轉(zhuǎn)不靈。
這個(gè)時(shí)候，大明朝廷才另置巡撫，地位在三司之上，使三權(quán)歸一，掌管地方軍政大權(quán)，行政效率蹭蹭往上提，朝廷對(duì)地方的統(tǒng)轄權(quán)也重新得到加強(qiáng)。
即便如此，大明的巡撫依舊是非地方正式軍政長(zhǎng)官，哪里不穩(wěn)定就往哪里派出巡撫，基本都是都察院的御史兼職。
巡撫開(kāi)始是主管民政方面的，隨著天啟、崇禎朝地方戰(zhàn)事變多，巡撫側(cè)重于主管軍事，走了文官指揮軍隊(duì)的下坡路。
鑒于此狀況，朱慈烺正式確立巡撫制度，在各省設(shè)一名巡撫，從二品，掌管一省民政、司法、監(jiān)察大權(quán)，不掌軍事。