受傷的左副帥劉復(fù)亨被送到了船上醫(yī)治。元軍統(tǒng)帥忻都召集其余將領(lǐng)討論明天的軍事行動(dòng)。經(jīng)過一天的戰(zhàn)斗，元軍對(duì)日本武士的勇猛戰(zhàn)斗，頗有懼意，而且對(duì)一隊(duì)隊(duì)參戰(zhàn)的武士部隊(duì)難以估計(jì)其準(zhǔn)確數(shù)字，以為數(shù)倍于元軍。同時(shí)元軍雖然占領(lǐng)了灘頭陣地，但死傷不少，兵疲矢盡，并且統(tǒng)帥受傷，這些對(duì)久經(jīng)戰(zhàn)陣的元軍統(tǒng)帥忻都產(chǎn)生了影響，從而不能準(zhǔn)確地判斷出戰(zhàn)爭雙方的形勢。高麗軍將領(lǐng)金方慶比較冷靜，他看到當(dāng)時(shí)的戰(zhàn)爭形勢對(duì)元軍比較有利，只要堅(jiān)持苦戰(zhàn)，便能攻克大宰府，保住陣地以待援軍。所以，他建議：“我軍雖少，但已入敵境，人自為戰(zhàn)，即孟明焚舟、淮陰背水計(jì)也。”
忻都猶豫不決，由于擔(dān)心日軍夜襲，他打算命全軍回到船上，這時(shí)精于水戰(zhàn)的部將張禧“見山影浮波，疑暗礁在海口，會(huì)青髯見于水上，海水作硫磺氣”，判斷近日可能有暴風(fēng)雨大室，建議全軍上岸，在岸上扎營避雨，海灣中的戰(zhàn)船則分散駐泊，“各艦相距百步下錨，以免大風(fēng)至?xí)r相互碰撞損壞”，忻都采納了張禧的建議，下令全部陸軍以最快速度登岸，選擇險(xiǎn)要可避風(fēng)雨之地扎營固守，海灣中的戰(zhàn)船較小者駛?cè)牒涌诒茱L(fēng)，較大者則各自相距百步下錨，以免碰撞。
午夜時(shí)，臺(tái)風(fēng)暴雨果然大至（日本群島四面環(huán)海，除東北部沿海外，均被來自熱帶太平洋的暖流所環(huán)繞，也就是人們常說的黑潮，氣候形成較溫和潮濕的海洋性季風(fēng)氣候。在每年八、九、十月間，日本西部和南部常遭臺(tái)風(fēng)襲擊；博多灣恰好正位于臺(tái)風(fēng)的襲擊區(qū)內(nèi)），由于事先做了準(zhǔn)備，元軍避免了臺(tái)風(fēng)襲擊時(shí)各艦船互相碰撞，所以損失極小，僅有大小戰(zhàn)船二十二艘毀沉，方臺(tái)風(fēng)漸停之時(shí)，暴雨又降，海上漆黑一片，落海的兵將無法相救，故而溺死者約一千余人，受傷的左副帥劉復(fù)亨也在死難者之列。
臺(tái)風(fēng)暴雨的來襲沒有給元軍造成太大的損失，但卻堅(jiān)定了忻都和元軍眾將的作戰(zhàn)決心。忻都慶幸自己聽了張禧的建議，沒有上船，因而躲過一劫，他認(rèn)為這是天意要助他成就征服日本的大功，是以第二天即二十二日一早便率軍出發(fā)，前往進(jìn)攻大宰府水城進(jìn)攻日軍。
此時(shí)日軍已在大宰府水城列陣，由于昨夜暴雨打濕了火藥，元軍火炮暫時(shí)不能發(fā)射，是以元軍這一次沒有使用火器，而是先以弓弩猛射日軍，然后以騎兵向日軍發(fā)動(dòng)沖擊，步兵跟進(jìn)，日軍兵少勢弱，根本無法抵擋元軍如同潮水般的進(jìn)攻，全軍五千余人盡為元軍所屠滅，大宰府水城為元軍攻占。
在進(jìn)攻大宰府的同時(shí)，忻都還派出一只小型艦隊(duì)，前往長門海域，以牽制長門的守軍，使其不敢救援大宰府。元軍進(jìn)攻長門的消息，震驚了鐮倉幕府和京都。民心不穩(wěn)，輿論驚慌，以致市中無米，民有饑色。謠言一個(gè)接著一個(gè)地傳來：“元軍占領(lǐng)九州、元軍已從東海、北海入侵等等”。朝廷的公卿大臣尤為恐慌，在朝議中甚至有人主張迅速將朝廷遷往關(guān)東，招募武士浪人守衛(wèi)京都等。后宇多天皇親臨神宮祈禱七晝夜，龜山上皇在清水神社祈禱，又派人去伊勢神宮祝詞：愿以身代國難。各王公大臣紛紛向寺、社獻(xiàn)幣、寫經(jīng)、誦經(jīng)。
北九州鎮(zhèn)西守護(hù)所得知元軍進(jìn)攻后，在鎮(zhèn)西奉行少貳藤原經(jīng)資率領(lǐng)下的守護(hù)部隊(duì)立即前往救援。日軍總指揮為藤原經(jīng)資，大友賴泰作副手，在他們領(lǐng)導(dǎo)下，有藤原經(jīng)資領(lǐng)導(dǎo)的“三前二島”的御家人武士部隊(duì)、大友的豐后武士部隊(duì)、筑后守護(hù)北條宗政、肥后守護(hù)安達(dá)成宗的、以及島津久經(jīng)所率領(lǐng)的薩摩、大隅、日向三地的守護(hù)武士部隊(duì)。參加第一線的戰(zhàn)斗人員大約有四萬余人，連藤原經(jīng)資的父親、八十四歲的入道覺惠都披甲上陣。此外，四國和中國地方部分御家人和武士，參加了九州的戰(zhàn)爭，宇都宮貞綱率領(lǐng)約六萬中國地方的武士部隊(duì)，作為后備軍在必要時(shí)將前往筑前支援。
為了挽回軍心士氣，夜幕降臨時(shí)，熟習(xí)近海作戰(zhàn)的松浦黨御家人草野次郎經(jīng)永，率少數(shù)部下分乘小舟偷襲元軍，縱火焚燒元軍戰(zhàn)船，乘元軍慌亂之際斬首二十一級(jí)。這一果敢行動(dòng)引誘了其他武士效法，偷襲元軍徹夜不斷。元軍為預(yù)防偷襲，將大船調(diào)于外圍，日軍船小難以正面沖擊。偷襲者至，元軍以火炮強(qiáng)弩猛射，日本武士的小船非碎即穿，損失逐漸增加。日軍統(tǒng)帥藤原經(jīng)資見狀下令，若無命令不準(zhǔn)進(jìn)行偷襲。
元軍在大宰府經(jīng)過短暫休整后，繼續(xù)發(fā)動(dòng)進(jìn)攻，由于一連多日皆是晴天，打濕的火藥得以曬干，元軍的火炮又開始發(fā)威，每遇日軍前攻，便先以火炮轟擊，再以弓弩齊射，然后騎兵沖陣，日軍根本無法抵擋，不過月余，九州全境便為元軍攻占
九州失陷的消息震驚了日本全國，而忻都也為日軍的強(qiáng)悍震動(dòng)，在占領(lǐng)九州之后，他沒有馬上進(jìn)攻四國和中國地方，而是派出了使者前往京都，曉諭日本統(tǒng)治者，要求其投降。但執(zhí)權(quán)北條時(shí)宗不由分說，將元使斬首于鐮倉龍口。消息傳來，忻都等人百思不得其解。忻都憤怒之余，也打消了不戰(zhàn)迫降日本的念頭，專心的準(zhǔn)備再次發(fā)動(dòng)進(jìn)攻，一舉滅掉日本。
忻都等人對(duì)日本缺乏了解，并不知道，自古以來，決定日本與大陸外交走向的一直是朝權(quán)貴族，但是這一次，冒著激發(fā)戰(zhàn)爭的危險(xiǎn)而堅(jiān)持強(qiáng)硬政策的卻是鐮倉幕府年輕的執(zhí)權(quán)北條時(shí)宗。蒙古國書送達(dá)日本的時(shí)期，鐮倉幕府憑借承久之亂的勝利掃肅了國內(nèi)的朝權(quán)勢力，然后通過對(duì)三浦之亂的鎮(zhèn)壓消滅了幕府內(nèi)部反對(duì)得宗的勢力，建立起了以北條氏為中心的執(zhí)權(quán)政治。北條時(shí)宗就任執(zhí)權(quán)的時(shí)候，北條氏的專權(quán)達(dá)到了頂點(diǎn)，年輕的執(zhí)權(quán)自信而專斷，不肯在異國的威脅面前低頭，更何況這種威脅的發(fā)端源自于當(dāng)時(shí)日本人眼中的野蠻民族蒙古人那里。